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提速近10倍！基于深度学习的全基因组选择新方法来了******

　　近日，中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用，将助力深度学习在全基因组选择中的应用，为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物（Molecular Plant）》上。

　　全基因组选择作为新一代育种技术，通过构建预测模型，根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择，从而缩短育种世代间隔，加快育种进程，节约成本，推动现代育种向精准化和高效化方向发展。

　　统计模型作为全基因组选择的核心，极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型，难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。

　　相较于传统模型，非线性模型（如深度网络神经）具备分析复杂非加性效应的能力，人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机，深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。

　　该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料，通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。

　　与其他五种主流预测方法相比，该方法有以下优点： 可以利用多组学数据开展全基因组预测；算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构，可以有效降低模型错误率，提高运行速度；预测精度稳健，在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当，在大规模数据集上预测优势更加明显；计算时间与传统方法相近，比已有深度学习方法提速近10倍；超参数调整对用户更加友好。

　　该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。

学术支持

中国农业科学院作物科学研究所

记者

宋雅娟

家门口的“中心”多了******

　　【新春走基层】

　　光明日报记者 赵秋丽 冯帆 光明日报通讯员 王跃伟

　　开栏的话

　　新年新气象，新春再出发。

　　时盛岁新，放眼神州大地，一个个充满生机活力、日新月异的发展变化，就在你我身边；一个个奋斗创造奇迹、皆得所愿的美好故事，就在眼前。

　　本报今起开设《新春走基层》专栏，我们的记者跟随新春的脚步，走向田间地头、走进厂矿社区、走到沿海边疆，撷取最鲜活的素材，发掘最真诚的故事，捕捉最美好的情感，记录这个春天里的坚守、团聚、祝福和期盼。

　　让我们一起，聆听春天的旋律，感受昂扬奋进的时代脉动！

　　新春将至，山东省寿光市洛城街道屯西村的老年活动中心，呈现别样的冬日“暖”意。活动室里年味儿满满，张贴了各种“兔年”年画、剪纸等作品，村里不少老人在这里的健身室、阅读室、书法教室享受多样文娱活动，传出阵阵笑声。

　　“只要有空，我就会来这里与老伙计们下下棋、练练太极，累了还可以在按摩椅上放松一下。”活动中心的常客村民傅文山感慨，“没想到老了还能享受到这样丰富的文化服务，很满足。”

　　傅文山的一席话说出了屯西村村民的心声。这几年，屯西村村民的钱袋子越来越鼓，他们的精神文化需求也随之增加。屯西村村“两委”问需于民，进一步扩容村民活动场所，实现了文化有阵地、娱乐有设施、健身有场所、活动有保障，在精神文化生活方面不断为村民的幸福“加餐”。

　　屯西村党支部书记葛茂学介绍，2016年开始，屯西村正式开放老年活动中心，配套建设了健身按摩、图书阅览、音乐厅、舞蹈瑜伽、书法影视、棋牌娱乐等12个功能区，为老年人提供休闲、娱乐、健身、学习等全方位服务。除了为社区居民提供文化娱乐活动场所外，村“两委”还定期开展健康知识讲座、文艺演出等公益活动，让活动室真正成为老年人交流、娱乐、健身、活动的好去处。

　　群众的需求在哪里，村“两委”的服务就跟到哪里。针对群众个性化的文化需求，屯西村重点建设了党群服务中心、青少年服务中心、文体活动中心、老年活动中心、物业管理中心、警务助理协调中心“六大中心”，让群众“进一个门、办所有事、享所有服务”。特别是2000平方米的地下活动中心，让村民连连称赞，他们不仅可以在这里跳广场舞，还可以办婚宴、办会议，环境设施好，一个活动中心，发挥多种用途，最大限度实现了资源共享。

　　“活动广场建在地下，我们晚上跳广场舞的时候，也不会打扰周围村民休息，各不耽误。”屯西村村民孔令洋说起村里的变化更是滔滔不绝，“现在，我们村民确实得到了实惠，生活有保障，精神面貌也大有改观！”

　　2021年，屯西村还建起了以汉字演变为主题的艺术馆——仓颉汉字艺术馆，参观者可以通过文物、字典、诗歌等多种形式了解博大精深的汉字演变史。艺术馆还设计了雕版印刷、活字印刷、古法造纸、纸艺作品等体验环节。

　　“我们用文化丰富心灵、陶冶情操，让大家在充满文化味儿的村里过得更舒心、更开心。未来，我们将进一步探索文化服务群众新模式、新路径，创新管理与服务模式，盘活用好现有资源，让广大村民在家门口得到更多实惠。”葛茂学说。

　　《光明日报》（ 2023年01月06日 01版）

　　（文图：赵筱尘 巫邓炎）